スケッチを書き込むためにDFUモードにしたときと、書き込んだアプリケーションが実行しているときで、PCに認識されるUSBのCOM番号が違う。
例:
スケッチ書き込み時 … COM7
アプリケーション実行中 … COM6
これは正しい動作です。 ブートローダーに含まれているUSB-CDCの設定と、アプリケーションに含まれているUSB-CDCの設定が異なるためです。